Сергей Шафир родился 10 октября 1943 года в Андижане (Узбекистан)
Отец – Иосиф (Хаскель) Гершевич Шафир – военный, майор, политрук с академическим образованием. В годы Великой Отечественной войны сражался в рядах советской армии. Был ранен и комиссован. Продолжал службу до 1953 года, пока не началась чистка в армии. В мирное время был популярным в Караганде лектором-международником. Похоронен в Израиле. Мать – Екатерина Федоровна. Уроженка Ворошиловграда (Луганска). По словам С. Шафира: «Жена военного и этим все сказано. Хорошая кулинарка, добрейший и коммуникабельный человек. Оплот семьи».
Детские годы С. Шафир провёл в Луганске. К началу учёбы в школе семья переехала в Казахстан, в Караганду.
После службы в армии Шафир поступил в Ленинградский государственный институт театра, музыки и кино (ЛГИТМИК) на специальность «Режиссура телевидения».
«Мы учились весело. Мы все были практиками, режиссерами телевидения и после второго курса, когда ушла политэкономия, история театра и другие теоретические дисциплины, осталась только группа практиков, режиссеров ТВ, и через некоторое время педагогам уже нечему было нас учить. Мы приезжали два раза в год на сессию и просто делились своим опытом. И не всегда опыт наших ленинградских режиссеров мы перенимали. Хотя были исключения. Я поступал на курс к Давиду Карасику и тогда это был авторитет на Ленинградском, да и советском телевидении. Это был 1965 год, и телевидение только формировалось, как вид искусства», ‒ вспоминает С. Шафир.
В 60-е годы – Шафир работал на Карагандинском телевидении. Оттуда перешел на работу на киностудию «Казахфильм», бы заместителем директора студии по производству. На разных позициях участвовал в съемках множества фильмов, впоследствии составивших Золотой фонд казахского кино. Сотрудничал со многими выдающимися режиссёрами, в том числе с М. Бегалиным, Э. Уразбаевым, Б. Шамшиевым, Ю. Пискуновым и др.
Время от времени С. Шафир работал и на других союзных киностудиях. Как пример – участие в съемках фильма Т. Лиозновой «Карнавал» на студии им. М. Горького. Шафир занимался организацией съемочного процесса в г. Калуга. С
С 80-х годов Шафир активно занялся документалистикой. Снял репортаж о первом организационном митинге в Союзе писателей, вел хронику антиядерного движения «Невада – Семипалатинск», трудился в соавторстве со многими известными документалистами Казахстана.
В 1991 году переехал в Израиль, но до 2010-х годов периодически возвращался работать в Казахстан. Трудился на частных студиях. Плодотворно сотрудничал с продюсером Галиной Кузембаевой и её студией Gala TV, занимался в основном производство документальных фильмов и телепередач.
С 2007 по 2009 – занимался производством кино- и телефильмов на собственной студии Vision on films (Казахстан). После окончательного переезда в Израиль открыл студию документальных фильмов Sergey Shafir Production.
В настоящее время живёт в Израиле, в г. Ашдод.
Автор книги воспоминаний «Не только о личном».
Материал подготовлен на основании личных бесед Е. Лумпова и С. Шафира.